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国家健康医疗大数据研究院（深圳）在依托深圳市大数据研究院和香港中文大学（深圳）发展建设的基础上，将积极拓展多家参与单位，参与单位将依托粤港澳大湾区辐射覆盖到全国的大学、研究机构和相关知名企业。研究院将设立专门的管理委员会（理事会），作为议事机构和监督机构；实行理事会领导下的院长负责制。研究院将设立健康医疗大数据专家委员会为研究院科学研究发展提供战略导向，同时负责发行健康医疗大数据刊物，指导年度高峰论坛的举办。设立产业咨询委员会，全盘了解国内外健康医疗大数据的产业发展与趋势，同时为研究院科研成果的产业化提出指导意见。设立开放课题管理委员会，为研究院的对外开放合作基金和开放课题进行评审和答辩，并监督其实施过程和产出。设立规范与标准委员会，同深圳市卫健委、深圳市卫生健康发展研究和数据管理中心联合发布所制定的各类医疗数据的信息化标准流程、数据标签规范、与各类数字医疗技术的评估标准。
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